В христианстве белая лилия олицетворяет собой чистоту и в католических странах она стала "цветком девы Марии". По преданию, архангел Гавриил явился к святой деве Марии с цветком белой лилии в руке. По христианской легенде, белая лилия выросла из слез Евы, изгнанной из рая. По еврейским сказаниям, цветок этот рос в раю во время искушения Евы дьяволом и мог оскверниться им, но ничья грязная рука не осмелилась коснуться его. Так же существует предание, что под желтым цветком лилии остановилась корзина с маленьким Моисеем.
Архитектор, строивший храм Соломона, придал изящную форму лилии капителям громадных колон этого храма и украсил изображением лилии его стены и потолок. Купель, где умывались первосвященники тоже была в форме лилии .
Оранжево-красные лилии, также известные со времен античности, символизировали кровь Христа. О красной лилии рассказывают, что она поменяла цвет в ночь перед крестным страданием Христа. Когда Спаситель проходил по Гефсиманскому саду, то в знак сострадания и печали перед Ним склонили головы все цветы, кроме лилии, которая хотела, чтобы Он насладился ее красотой. Но когда страдальческий взор упал на нее, то румянец стыда за свою гордость в сравнении с Его смирением разлился по всем ее лепесткам и так остался там навсегда. Вот почему красные лилии никогда не стоят с поднятыми кверху головками и к ночи всегда смыкают свои лепестки.